祁钰受命前往大同与瓦剌人交涉，允贤给祁钰送别，叮嘱他一定要小心保护自己，祁钰则说自己一定会平安回来早日迎娶允贤，二人依依惜别。转眼离祁钰出使大同已经过去两月，钱皇后的肚子也眼见着大了起来。允贤去给义母贺寿，见义母最近热衷于食用“药膳”，对此感兴趣起来，于夫人(陆梅芳 饰)于是拿出现在京中广为流传的据说是由太医院程院判编纂的药书给允贤过目，允贤惊讶地发现此书竟是程十三(张溪和 饰)抄袭于她的药稿。允贤气冲冲地拿着程十三的新书去质问他——身为太医院的前辈为何要抄袭她的药稿，程十三这才明白过来原来那摞手稿来自允贤。但为了保住自己的颜面，他仍矢口否认，允贤于是举出程十三书中的“七神归元汤”的主料及配料都与她谭家祖传秘方中的“七神归元丸”一模一样。见程十三毫无悔意，允贤打算进宫去向皇上告状，村霞为了袒护叔叔，请求允贤不要去告发程十三，允贤碍于同门情谊答应暂且不去揭发此事。程十三在村霞面前假意悔改，转背却去向太后揭穿了允贤是当年太医院谭复孙女之事，太后知情后打算杀掉允贤。程十三知道就这样处决允贤势必会遭到皇上的阻挠，于是又生出毒计——让刘妃假装晕倒，继而让其请允贤为她诊脉，后又安排刘妃小产，并将此罪名推到允贤身上。
太后以允贤“残害龙嗣”为由要将其赐死，皇上坚决阻挠。允贤则镇定自辩，称刘妃的确小产无疑，但早上让她诊脉之人却并非刘妃，因那人为罕有的奇飞脉，允贤早上诊脉时就已发现并将此事告知了其师父刘平安(刘立伟 饰)记录在册，而眼前刘妃并非有奇飞脉之人。允贤字字铿锵，刘妃亦主动招认自己系受太后指使陷害允贤。真相已经昭然于心，太后知道自己的计谋被拆穿，强行将程十三带出了刘妃寝殿，并打发其他自行逃命。
村霞因叔父抄袭了允贤的药稿之事向允贤赔罪，并请求允贤看在其叔父经营太医院多年没有功劳也有苦劳的份上原谅叔父，还说叔父上次为了医治瘟疫，甚至不小心烫掉了自己虎口上的胎记。允贤得知程十三虎口上有胎记，记起当年陷害谭家害死爷爷和哥哥的J人。皇上帮允贤在太后面前重翻旧案，指出太后的心腹程十三才是当年害她小产的真凶。太后盛怒之下说要杀了程十三，内监曹吉祥(卢森堡 饰)听闻立即将其一刀刺死。旧事重提，太后急怒攻心，中风病倒。曹吉祥秘密将程十三带回东厂，原来他那一刀并未刺中程十三的要害，而他之所以将程十三带回来，则是想获悉更多关于太后的秘密。
皇上命允贤编发的《太平药膳方》也已编印完成，百姓得到免费派发的药书，都对皇上的仁政赞不绝口。